El Consejo de Seguridad Nuclear es una entidad que forma parte del sector público administrativo estatal en los términos establecidos en los artículos 2.1.g) y 3.1.b), de la Ley 47/2003, de 26 de noviembre, General Presupuestaria y se encuentra sometido al régimen de contabilidad previsto en el  Plan General de Contabilidad Pública y a la Instrucción de Contabilidad para la Administración Institucional del Estado.

El Título V del Estatuto del Consejo de Seguridad Nuclear regula el régimen patrimonial, presupuestario, de control de la gestión económico-financiera y contable.

El Consejo de Seguridad Nuclear tiene patrimonio propio, independiente del patrimonio de la Administración General del Estado, integrado por el conjunto de bienes y derechos de los que es titular que se enumeran a continuación:

a) Los bienes y derechos que constituyen su patrimonio y los productos y rentas de los mismos.
b) Los ingresos que provengan de las tasas y precios públicos regulados en la Ley 14/1999, de 4 de mayo.
c) Las asignaciones que se establezcan anualmente con cargo a los Presupuestos Generales del Estado.
d) Cualesquiera otros que legalmente pudieran serle atribuidos.

El CSN dispone de recursos económicos propios procedentes de las tasas que el organismo obtiene por los servicios que presta.

La gestión y recaudación de las tasas, precios públicos y cualesquiera otros recursos públicos cuya gestión tributaria esté atribuida al Consejo de Seguridad Nuclear, corresponde a dicho Organismo, pudiendo utilizar para la efectividad de los mismos el procedimiento administrativo de apremio.

El Consejo de Seguridad Nuclear tiene concertado un convenio con la Agencia Estatal de la Administración Tributaria para la gestión de la recaudación en vía ejecutiva.